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学院山核桃课题组在线发表胡桃科基因组数据库

作者:今晚六彩现场开奖结果时间:2020-03-24点击数:

  日前,今晚六彩现场开奖结果亚热带森林培育国家重点实验室山核桃研究团队通过整合基因组、基因编码序列、蛋白质序列、各种类型的注释信息、表达数据和miRNA数据等,使用BLAST、JBrowse等各类查询工具开发建立了胡桃科数据库(PJU)。研究成果发表在Nature旗下唯一的园艺领域专刊Horticulture Research。该杂志是由南京农业大学与自然出版集团(现Springer Nature)合作创办的英文期刊,影响因子3.64,位于园艺一区(第3/36名,植物科学一区(第32/228名)研究生郭文磊为第一作者,王正加教授林楗仁(Kean-Jin Lim)副教授为共同通讯作者,黄坚钦教授、研究生陈俊浩李健共同参与了此项研究。

胡桃科是双子叶植物纲金缕梅亚纲的一科,共有9个属, 60多个物种,并广泛分布于北美,欧洲和亚洲。其中最著名的两个属是Carya和Juglans。这两个属中的大多数物种不仅具有美味、营养价值高,具有保健功能的可供食用坚果,而且还能产出经久耐用且抗腐蚀的木材。例如,黑胡桃Juglans nigra被公认为是最高档次的硬木木材。胡桃科的果实在坚果市场同样非常受欢迎,核桃Juglans regia、碧根果Carya illinoinensis和山核桃Carya cathayensis是重要的木本油料树种,它们的果实含有非常高的不饱和脂肪酸,具有高含量的膳食纤维、矿物质、维生素和抗氧化剂,是健康的食用油脂来源,具有调节血脂、增强免疫和补脑健脑等功效。
作为重要经济价值的植物,胡桃科植物已经被人类社会长期种植、驯化和利用。仅核桃在我国种植面积超过500万公顷;随着基因组学时代的到来,胡桃科的基因组测序进程已经大大加快,并产生了大量数据。

胡桃科数据库(PJU)具有用户友好和简洁的界面,只需简单的操作即可执行各种查询任务。该数据库中包含了主页Home)、介绍(Introduction)、物种信息(Species)、工具(Tool)、数据下载(Access)、研究社区(Community)和帮助文档(Help)多个模块。在工具模块中,PJU提供了诸多查询和分析功能,研究者们可以进行单个基因、基因家族,转录因子、启动子等多种数据的查询,同时还可以利用JBrowse和BLAST进行研究。

此研究在国家自然科学基金31570666)项目的资助下完成。

https://www.nature.com/articles/s41438-020-0256-x

 

https://mp.weixin.qq.com/s/8BUrf5q9z9sj2vhT8AO1cg

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